蓝耳病毒(PRRSV)一般经呼吸道入侵机体，主要在肺泡的巨噬细胞(PAM)内复制，病毒在巨噬细胞中的复制、加工和组装对巨噬细胞有损伤作用。起初肺泡巨噬细胞为抵抗病毒感染功能加强，随着病毒的持续感染往往导致PAM被破坏，大量崩解，使得在PAM中复制增殖的病毒粒子快速释放，随着血液和淋巴循环到达机体全身各处组织和器官，血液中存在病毒粒子称为病毒血症，处于发病期的猪只可见全身各处淋巴结肿大和充血。

病毒也可机体各组织器官的巨噬细胞中复制，并引起相应组织和器官，如肺脏、扁桃体和淋巴结等出现不同程度的病理损伤。

感染初期，动物血清中可检测到抗体和病毒同时存在，表明感染初期产生的抗体并不能有效清除病毒，导致感染动物病毒血症持续时间较长。

毒力强的PRRSV毒株感染后12h内出现病毒血症，病毒迅速扩散到淋巴以及肺脏等靶组织器官，感染后7-14天病毒滴度最高是肺脏和淋巴结，一般病毒血症持续4周以上，RT-PCR方法在染毒后251天的动物血清中仍可检出PRRSV。

血清中的病毒滴度达到最高峰后迅速降低，先天感染的仔猪病毒血症持续时间比后天感染的仔猪更久，长达48天以上，即使病毒血症已经消失，病毒的复制水平很低，仍可排毒并感染周围的阴性猪。

与接种低毒力的PRRSV的易感猪相比，接种强毒株的易感猪病毒血症持续时间更长，血液和组织中病毒粒子量显著增多，临床症状更严重，死亡率更高，说明PRRSV毒力越强，病毒血症持续时间越长，临床症状越严重。感染PRRSV出现病毒血症的平均持续时间经产母猪（6-20d）比年轻母猪（18-34d）要短。

研究者检测流产的死胎以及先天感染病毒血症阳性初生仔猪的体内各组织器官PRRSV的分布，发现垂直传播感染的胎儿的淋巴器官PRRSV含量最高，而猪只自然感染PRRSV后，组织含毒量最高为肺脏。